気付くのが遅い、、のですが、
無人航空機の許可・承認の申請の方法が平成29年4月1日から変更になったんですね。普通に電子申請したら、「違います」ってメールが届きました。
失礼しました。
ということは、前回申請したのは、電子申請のギリギリでした。(3月25日)
変更になったというのは、こちらのPDFで公開されていました。
http://www.mlit.go.jp/common/001174824.pdf
内容では、
「平成29年度後期頃には、ウェブ上で申請書を作成・提出できるシステムを運用開始する予定です。」とのアナウンスがあり、申請書を添付という形ではなく、申請書そのものをWEB上で出来ることになると言うことですね。